Nakon što je Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine na sjednici Zastupničkog doma, održanoj 21. avgusta 2001. godine i na sjednici Doma naroda održanoj 23. avgusta 2001. godine usvojila Izborni zakon Bosne i Hercegovine, koji je stupio na snagu 28. septembra 2001. godine, prestala je sa radom Privremena izborna komisija (PIK), a utemeljena je Izborna komisija Bosne i Hercegovine.
Članove Izborne komisije Bosne i Hercegovine imenovao je 16. novembra Visoki predstavnik sa liste koju je predložila Privremena komisija za imenovanje, a koja se sastojala od članova Komisije za izbor i imenovanje sudaca Suda Bosne i Hercegovine i međunarodnih članova Izborne komisije Bosne i Hercegovine.
Za članove Izborne Komisije Bosne i Hercegovine imenovani su Branko Perić, predstavnik srpskog naroda, Lidija Korać, predstavnik hrvatskog naroda, Hilmo Pašić, predstavnik bošnjackog naroda, Vehid Šehić, predstavnik ostalih, Ambasador Robert Beecroft, predstavnik međunarodne zajednice, Ambasador Dr. Gerhard Enver Schrönbergs, predstavnik međunarodne zajednice i Ambasador Victor A Tkachenko, predstavnik međunarodne zajednice.
Konstituirajuća sjednica Izborne komisije Bosne i Hercegovine održana je 20. novembra 2001. godine. Time je Privremena izborna komisija zvanično prestala da postoji. Na istoj sjednici donesena je Odluka o osnivanju Sekretarijata Izborne komisije Bosne i Hercegovine.
Sekretarijat obavlja stručne i administrativno-tehničke poslove za potrebe Izborne komisije Bosne i Hercegovine, Izbornog vijeća za prigovore i žalbe kao i Apelacionog vijeća.
Na drugoj sjednici Izborne komisije Bosne i Hercegovine, koja je održana 27. novembra 2001. godine, za prvog Predsjednika izabrana je gospođa Lidija Korać. Na istoj sjednici Izborna komisija Bosne i Hercegovine usvojila je Poslovnik o radu.
Na 46. sjednici Izborne komisije Bosne i Hercegovine održanoj 27.02.2003. godine provedena je procedura rotacije na mjestu Predsjednika ove institucije. Za drugog Predsjednika izabran je g-din Hilmo Pašić. Za trećeg Predsjednika Izborne komisije BiH 20.05.2004. godine imenovan je gdin Vehid Šehić. Sljedeća rotacija na mjestu Predsjednika Izborne komisije BiH bila je 18.08.2005. godine kada je izabran gdin Branko Petrić. Od 16.11.2006. godine do 15.02.2008. godine funkciju predsjednika Centralne izborne komisije je obavljao gdin Stjepan Mikić. Od 15.02.2008. godine do 08.05.2009. godine predsjednik Centralne izborne komisije BiH je bio Dr. Suad Arnautović. Do 29.09.2011. godine funkciju predsjednice Centralne izborne komisije BiH je obavljala gđa Irena Hadžiabdić. Gdin Branko Petrić na funkciji predsjednika Centralne izborne komisije BiH bio je u periodu od 29.09.2011. do 28.06.2013. godine. U periodu od 28.06.2013. godine do 31.03.2015. godine finkciju predsjednika Centralne izborne komisije BiH je obavljao gdin Stjepan Mikić.
Dr. Ahmet Šantić je bio predsjednik Centralne izborne komisije BiH od 31.03.2015. godine do 01.01.2017. godine a od tada je predsjednica Centralne izborne komisije BiH dr. Irena Hadžiabdić, koja je na toj dužnosti bila do 31. septembra 2018. Od 01. oktobra 2018. godine do 11. marta 2020. godine na funkciji predsjednika Centralne izborne komisije BiH je bio gdin Branko Petrić. Gdja Vanja Bjelica-Prutina je od 16. marta do 31. juna 2020. godine bila predsjednica Centralne izborne komisije BiH. Od 01. jula 2020. godine do 31.03.2022. godine gdin Željko Bakalar je bio predsjednik Centralne izborne komisije BiH. Od 1. aprila 2022. godine do 31.12.2023. godine predsjednik Centralne izborne komisije BiH je bio dr. Suad Arnautović. Od 01.01.2024. godine predsjednica Centralne izborne komisije je dr. Irena Hadžiabdić.
Prema članu 2.6 Izbornog zakona BiH Predsjednik Izborne komisije BiH imenuje se iz reda njenih članova. Po jedan član Izborne komisije Bosne i Hercegovine iz reda Hrvata, Bošnjaka, Srba, i član iz reda ostalih obavljat će funkciju predsjednika Izborne komisije Bosne i Hercegovine po principu rotacije, i to jedanput u sedam (7) godina u trajanju od dvadesetjedan (21) mjesec.
U aprilu mjesecu, 2006. godine Izborna komisija BiH mijenja naziv u Centralna izborna komisija BiH.