Nakon što je Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine na sjednici Zastupničkog doma, održanoj 21. kolovoza 2001. godine i na sjednici Doma naroda održanoj 23. kolovoza 2001. godine usvojila Izborni zakon Bosne i Hercegovine, koji je stupio na snagu 28. rujna 2001. godine, prestalo je sa radom Privremeno izborno povjerenstvo, a utemeljeno je Iborno povjerenstvo Bosne i Hercegovine..
Članove Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine imenovao je 16. novembra Visoki predstavnik sa liste koju je predložila Privremena komisija za imenovanje, a koja se sastojala od članova Komisije za izbor i imenovanje sudaca Suda Bosne i Hercegovine i međunarodnih članova Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine..
Za članove Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine imenovani su Branko Perić, predstavnik srpskog naroda, Lidija Korać, predstavnik hrvatskog naroda, Hilmo Pašić, predstavnik bošnjackog naroda, Vehid Šehić, predstavnik ostalih, Veleposlanik Robert Beecroft, predstavnik međunarodne zajednice, Veleposlanik Dr. Gerhard Enver Schrönbergs, predstavnik međunarodne zajednice i Veleposlanik Victor A Tkachenko, predstavnik međunarodne zajednice..
Konstituirajuća sjednica Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine održana je 20. novembra 2001. godine. Time je Privremeno izborno povjerenstvo zvanično prestalo da postoji. Na istoj sjednici donesena je Odluka o osnivanju Sekretarijata Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine. Sekretarijat obavlja stručne i administrativno-tehničke poslove za potrebe Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine, Izbornog vijeća za prigovore i žalbe kao i Apelacionog vijeća..
Na drugoj sjednici Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine, koja je održana 27. studenog 2001. godine, za prvog Predsjednika izabrana je gospođa Lidija Korać. Na istoj sjednici Izborno povjerenstvo Bosne i Hercegovine usvojilo je Poslovnik o radu..
Na 46. sjednici Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine održanoj 27.02.2003. godine provedena je procedura rotacije na mjestu Predsjednika ove institucije. Za drugog Predsjednika izabran je g-din Hilmo Pašić. Za trećeg Predsjednika Izborne komisije BiH 20.05.2004. godine imenovan je gdin Vehid Šehić. Sljedeća rotacija na mjestu Predsjednika Izborne komisije BiH bila je 18.08.2005. godine kada je izabran gdin Branko Petrić. Od 16.11.2006. godine do 15.02.2008. godine funkciju predsjednika Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je obavljao gdin Stjepan Mikić. Od 15.02.2008. godine do 08.05.2009. godine predsjednik Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je bio Dr. Suad Arnautović. Do 29.09.2011. godine funkciju predsjednice Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je obavljala gđa Irena Hadžiabdić. Gdin Branko Petrić na funkciji predsjednika Središnjeg izbornog povjerenstva BiH bio je u periodu od 29.09.2011. do 28.06.2013. godine. U periodu od 28.06.2013. godine do 31.03.2015. godine finkciju predsjednika Središnjeg izbornog BiH je obavljao gdin Stjepan Mikić.
Dr. Ahmet Šantić je bio predsjednik Središnjeg izbornog povjerenstva BiH od 31.03.2015. godine do 01.01.2017. godine a od tada je predsjednica Središnjeg izbornog povjerenstva BiH dr. Irena Hadžiabdić, koja je na toj dužnosti bila do 31. rujna 2018. Od 01. listopada 2018. godine do 11. ožujka 2020. godine na funkciji predsjednika Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je bio gdin Branko Petrić. Gdja Vanja Bjelica-Prutina je od 16. ožujka do 31. lipnja 2020. godine bila predsjednica Središnjeg izbornog povjerenstva BiH. Od 01.07.2020. godine do 31.03.2022. godine gdin Željko Bakalar je bio predsjednik Središnjeg izbornog povjerenstva BiH. Od 1. travnja 2022. godine do 31.12.2023. godine predsjednik Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je bio dr. Suad Arnautović. Od 01.01.2024. godine predsjednica Središnjeg izbornog povjerenstva BiH je dr. Irena Hadžiabdić.
Prema članu 2.6 Izbornog zakona BiH Predsjednik Središnjeg izbornog povjerenstva BiH imenuje se iz reda njenih članova. Po jedan član Izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine iz reda Hrvata, Bošnjaka, Srba, i član iz reda ostalih obavljat će funkciju predsjednika Središnjeg izbornog povjerenstva Bosne i Hercegovine po principu rotacije, i to jedanput u sedam (7) godina u trajanju od dvadesetjedan (21) mjesec..
U travnju mjesecu, 2006. godine Izborno povjerenstvo BiH mijenja naziv u Središnje izborno povjerenstvo BiH. .